Bắc Kỳ sau 1884 có thể coi là bị lọt hết vào bàn tay của quân đội viễn chinh Pháp.

Tại Huế, triều đình cũng chia ra 2 phe: phe chủ chiến có hai ông Tôn Thất Thuyết và Nguyễn Văn Tường, phe chủ hòa (còn được gọi là "chủ hàng") có Trần Tiễn Thành, Nguyễn Hữu Độ, Gia Hưng quận vương... Với danh nghĩa Phụ chính đại thần, hai ông Thuyết, Tường, nắm hết quyền hành và ra mặt triệt hạ hết các nhân vật của phe chủ hòa và huy động việc kháng chiến từ Trung ra Bắc. Khâm sai Hoàng Kế Viêm trở ra hoạt động tại Sơn Tây, Trương Quang Đản ở Bắc Ninh, Tạ Hiện ở Nam Định, Phạm Vũ Mẫn, Nguyễn Thiện Thuật ở các tỉnh khác. Các ông này đều là các quan văn võ cao cấp của triều đình, hưởng ứng lời hịch Cần Vương. Bị Pháp phản đối nhiều lần lại thêm thất trận nặng nề nên lúc này ông Tường phải ngoại giao khéo léo với người Pháp để ông Thuyết ngầm tổ chức kháng chiến. Ở Trung, đoàn quân Phấn Nghĩa có hàng vạn người được bí mật sửa soạn chờ ngày tổng phản công. Tại Tân Sở, phe kháng chiến xây dựng một chiến khu với mục đích bên trong tiếp ứng cho Quảng Bình, Quảng Trị, phía ngoài có thể liên lạc với các miền thượng du Thanh Nghệ và có đường rút sang Lào và Xiêm La. Quân đội đóng ở đây có hơn một ngàn với hơn 20 đại pháo. Chiến khu này xét ra là con đường lùi của phe chủ chiến một khi cuộc đánh úp đồn Mang Cá của họ bị thất bại. Tôn Thất Thuyết cũng cho chôn giấu ở đây một nửa ngân khố của triều đình, gồm 300.000 lạng vàng, để chuẩn bị khả năng chiến đấu lâu dài.

Vua Kiến Phúc ở ngôi được hơn 6 tháng thì lâm bệnh qua đời ngày mồng 7 tháng 4 năm Giáp Thân (tức 1 tháng 5 năm 1884) nên em ông là Nguyễn Phúc Ưng Lịch, khi đó mới 12 tuổi, lên ngôi, lấy niên hiệu Hàm Nghi. Để đánh dấu những biến cố trên đây, sĩ phu Việt Nam đă có hai câu thơ:

Nhất giang lưỡng quốc nan phân thuyếtTứ nguyệt tam vương triệu bất tường

Khâm sứ Rheinart trách cứ rằng việc đặt vua Hàm Nghi lên ngôi không có xin phép nước Pháp và đại tá Guerrier đem 600 quân cùng một đội pháo binh từ Bắc vào Huế để thị uy. Quân Pháp do thiếu tá Guerrier chỉ huy được lệnh chiếm đồn Mang Cá. Sau đó ông Rheinart và Guerrier sang làm lễ phong vương cho vua Hàm Nghi rồi mới rút binh sĩ về Hà Nội.

Bấy giờ, phái chủ chiến ở Huế vì tương quan lực lượng yếu hơn, nên phải chịu chấp nhận. Mặt khác họ cũng lo tổ chức việc bố phòng để chuẩn bị cho trận chiến đấu sắp đến. Thượng thư Bộ Binh Tôn Thất Thuyết cho đặt 300 khẩu thần công lên mặt thành; dựng các tấm thuẫn đan bằng mây tre và bọc hai lớp da trâu để cản bớt sức công phá của đại bác địch trên mặt thành. Mặt khác, ông đã cho vận chuyển khí giới, lương thực ra Tân Sở (Quảng Trị) là hậu cứ của triều đình.

Kinh thành Huế

Theo người Pháp thì có thể rối loạn to về phía triều đình Việt Nam sau khi Hòa ước Thiên Tân ký vào ngày 27 tháng 4 năm 1885, tức năm Quang Tự thứ 11 (Ất Dậu), giữa Patenôtre đại diện Pháp và Lý Hồng Chương đại diện Thanh triều, Pháp liền dốc toàn lực để tiêu diệt cuộc kháng cự của Cần Vương mà thái độ giờ phút đó rất khả nghi và quan ngại.

Về phía triều định Huế, lợi dụng quân Pháp vừa thua trận ở Lạng Sơn; triều đình gửi công hàm cho Pháp yêu cầu họ rút quân ra khỏi Mang Cá, đồng thời phản đối việc quan lại bị bắt ở Bắc Kỳ, phản đối việc khám xét tàu thuyền và đòi trả lại tiền thuế cho khai thác mỏ và buôn thuốc phiện... Các yêu cầu đó, cùng với việc bố trí phòng thủ, khiến cho Pháp quyết định tiến vào đánh chiếm kinh đô Huế, mục đích là để tiêu diệt cho bằng được nhóm chủ chiến đang nắm ảnh hưởng lớn tại triều đình..

Ngày 21 tháng 5 năm 1885, Bộ trưởng Ngoại giao Pháp chỉ thị cho Lemaitre- Khâm sứ Pháp ở Huế:

"Không thể không trừng phạt hành vi của viên Thượng thư Bộ Binh nước Nam. Ông cho triều đình nước ấy biết rằng chúng ta không chịu để cho ông Thuyết ở chức Phụ chánh lâu hơn nữa. Ông phải đòi người ta bãi chức ông ấy và đưa đi xa...".Thống tướng Pháp Henri Roussel de Courcy (1827 - 1887).

Cuối tháng 5 năm 1885, tướng De Courcy được bổ làm Toàn quyền chính trị và quân sự tại Bắc và Trung Kỳ. Vừa đến Việt Nam, ông ta tuyên bố: "Cái gút thắt của vấn đề Việt Nam là ở Huế...". Ngày 18 tháng 4 năm Ất Dậu (tức 12 tháng 5 năm 1885), tướng De Courcy vừa sang tới Bắc Kỳ đã vào ngay Huế bàn việc giao thiệp giữa ông với Nam triều. Ngày 2 tháng 7 năm 1885, De Courcy đến Huế, cùng đạo quân gồm 1 tiểu đoàn lính Phi châu dưới quyền chỉ huy của Tiểu đoàn trưởng Metziuyer, trong đó có 16 sĩ quan và 870 binh lính; 1 đơn vị đặc nhiệm lấy từ tiểu đoàn quân sơn cước do Boines chỉ huy, gồm 3 sĩ quan và 157 lính. Tổng cộng có 19 sĩ quan và 1024 binh lính.

Viên tướng Pháp yêu cầu Nam triều ra lệnh cho sĩ phu và dân chúng tuân phục hoàn toàn chính thể bảo hộ. Để đáp lại việc Tôn Thất Thuyết cho chĩa đại bác từ Đại Nội vào đồn Mang Cá, phía Pháp cho thiếu tá Pernot dẫn quân tuần tiễu quanh Đại Nội. Người thay Rheinard (lúc đó vẫn chỉ là một quan chức nhỏ) là Lemaire, cựu công sứ Pháp tại Thượng Hải thuyết phục được Tôn Thất Thuyết rút đại bác khỏi các vị trí bố phòng nhắm vào quân Pháp. Nhưng phía Pháp không biết được rằng Tôn Thất Thuyết sau khi rút đại bác ra đã bí mật cho chở chúng lên căn cứ Tân Sở.[3]

De Courcy có ý nhân dịp này bắt Tôn Thất Thuyết ngay giữa cuộc đàm phán, do ông này là linh hồn của phe chủ chiến. Thuyết biết mưu này liền cáo ốm không sang và để Nguyễn Văn Tường cùng Phạm Thận Duật sang gặp De Courcy. Theo đại úy Gosselin, nhược điểm lớn nhất của De Courcy là việc ông này hoàn toàn mù quáng về tình hình Việt Nam. Ông cứ tưởng triều đình và dân chúng An Nam khiếp nhược trước sức mạnh của Pháp, và đề nghị với Paris giải quyết tình hình bằng vũ lực.[4]

Khi hiệp thương với Nguyễn Văn Tường và Phạm Thận Duật, tướng De Courcy đã yêu cầu chỉ khi nào Tôn Thất Thuyết lành bệnh thì mới định ngày vào gặp vua, đồng thời cử bác sĩ Maugin sang chữa bệnh cho ông, đòi ông Thuyết nếu ốm thì nằm cáng mà sang sứ quán Pháp nhưng Thuyết không chịu. Ngoài ra, Pháp còn đặt điều kiện là khi phái đoàn vào đến Hoàng thành, vua Hàm Nghi phải bước xuống ngai vàng đích thân ra đón. Ông ta còn đòi tất cả nhân viên trong phái đoàn của Pháp, phải được đi vào Đại Nội bằng của chính Ngọ Môn chứ không chịu đi một mình. De Courcy khước từ quà tặng của vua Hàm Nghi, và tuyên bố "nếu các người muốn yên ổn, thì trong 3 ngày phải nộp 200.000 thỏi vàng, 200.000 thỏi bạc và 200.000 francs". Sự ngạo mạn và lăng nhục của phía Pháp khiến phe chủ chiến tức giận và quyết định ra tay trước